Sfortunatamente, ciò che vuoi fare non è ancora supportato. Il ticket per la richiesta di funzionalità è qui se vuoi votarlo:
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-1243
Nel frattempo, ci sono un paio di opzioni:
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riprogettare il tuo documento. Ecco un collegamento sui modelli comuni per modellare le strutture ad albero:http:// docs.mongodb.org/manual/tutorial/model-tree-structures/
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continua con il tuo progetto attuale ed esegui più aggiornamenti o fai una ricerca, modifica l'array di nodi nella tua applicazione ed esegui un aggiornamento multiplo. Tieni presente che non sarai in grado di apportare tutte le modifiche all'interno di un singolo documento in modo atomico in questi scenari.