Mi imbatto nello stesso problema e dopo un po' di ricerche su Google ho trovato questo posthttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Ho provato questo comando menzionato:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
e funziona come un incantesimo. Dovrebbe funzionare nel tuo caso, buona fortuna.