popolamento profondo di mangusta

Forse solo questo.

Non penso che tu abbia bisogno di .populate('latestPost') come tuo prossimo .populate() dovrebbe occuparsi di popolare il latestPost . Forse questo interferisce con il prossimo.

User.findOne({ _id: req.user.id }).populate({ 
    path: 'latestPost',
    model: 'Post',
    populate: {
        path: 'author',
        model: 'User'
    }
}).exec(function (err, user) {

});