Le aggregazioni non vengono eseguite come le query tradizionali e non è possibile eseguire la spiegazione su di esse. In realtà sono classificati come comandi e, sebbene facciano uso di indici, non puoi scoprire facilmente come vengono eseguiti in tempo reale.
La soluzione migliore è prendere la parte $match della tua aggregazione ed eseguirla come una query con spiegazione per capire come stanno andando gli indici e avere un'idea su nscanned.