MongoEngine esegue il wrapping di PyMongo, che ha deprecato "salva" in PyMongo 3.0:
http://api.mongodb.com/python/current/changelog .html#collezioni-modifiche
MongoEngine potrebbe aver bisogno di deprecare il suo metodo di salvataggio, o sopprimere l'avviso di deprecazione, o forse qualche altra soluzione per gestire questa modifica di PyMongo. Ti consiglio di cercare nel bug tracker di MongoEngine e di segnalare questo problema se non è già accaduto.
Bug di MongoEngine - https://github.com/MongoEngine/mongoengine/issues/1491
