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_.merge clona i documenti secondari invece di aggiornarli

Prova a utilizzare _.extend o _.assign invece:

var updated = _.assign(entry, req.body);

Questa risposta di ShitalShah evidenzia le differenze tra unione ed estensione che causano duplicati nell'oggetto risultante con unione ma essenzialmente:

JSBin per illustrare le differenze:

var dest = {
  p: { x: 10, y: 20},
};

var src = {
  p: { x: 20, z: 30},
};

console.log(_.merge(dest, src)); 
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    y: 20,
    z: 30
  }
}
*/

console.log(_.extend(dest, src));
/*
[object Object] {
  p: [object Object] {
    x: 20,
    z: 30
  }
}
*/