TypeError:Impossibile utilizzare l'operatore 'in' per cercare '_id' in [{}]

è perché il tuo req.body contiene l'indirizzo:'{}' che è una stringa non un array e non un oggetto se scrivi

 var body={ name: 'santhu', address: []}; //and not { name: 'santhu', address: '{}'}
 var employee = new Employee(body);

funzionerà bene