MongoDB
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Passa da JPA a Mongo nell'app Spring Boot MVC

Hai ragione, vuoi usare i profili.

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

In application.properties, ora puoi impostare spring.profiles.active in jpa o mongo per passare da un database all'altro.