Se guardi nel codice sorgente di pymongo , scoprirai che l'update la funzione non riceverà alcun parametro su arrayFilters , quindi devi usare update_one , che accetterebbe un parametro facoltativo denominato array_filters :
db.dept.update_one(
{"emps._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}},
{"$inc" : {"emps.$[idx].salary" : 20000}},
upsert=True,
array_filters=[{"idx._id" : {"$gte" : 1111, "$lte" : 1114}}]
)