Se la riparazione non funziona, sfortunatamente sei sfortunato.
Presumo che tu non abbia abilitato il journaling o alcun backup. Ti incoraggio vivamente a correre con il journaling abilitato e a seguire una delle strategie di backup descritte qui . Lo snapshot LVM è facile da implementare, abbastanza veloce e affidabile.
È meglio eseguire MongoDB anche su un sistema a 64 bit. 32 bit ti limita a 2 GB di dati . Dici che hai "esaurito lo spazio"?