Puoi provare questo, insieme ai tuoi campi _id, non è necessario verificare che un booleano sia vero o falso, basta valutarlo
db.col.aggregate(
[
{
$group : { _id : {
isError : { $or : ["$isSoapFaultByMP", "$isSoapFaultByNextHop"] }
}
}
}
]
)