Puoi utilizzare la notazione del punto ed eseguire la seguente query per il tuo esempio:
{"parts.0":{"$gte":1},"parts.1":{"$gte":5}}
oppure usa il codice JS di seguito per creare qualcosa di più generico:
let input = [1,5];
let query = Object.fromEntries(input.map((val, i) => ([ "parts." + i, { $gte: val } ])));
console.log(query);