Probabilmente devi scrivere un hook in Erlang. Consulta la documentazione ejabberd per eventi e hook In particolare questo :
user_send_packet(From, To, Packet) -> ok
Usa il driver erlang per mongodb . Se ciò è "non possibile"/"troppo difficile", ti suggerisco di chiamare uno script PHP/Python/Ruby che memorizza semplicemente il messaggio in mongodb. È facile da fare, ma non scala molto bene.
Spero che questo aiuti.
Alcuni link:esempi di driver mongodb-erlang Erlang
PS:è passato del tempo da quando ho usato eJabberd. Eventuali correzioni sono benvenute.