Non dovresti chiamare ->close() ad ogni iterazione. Se chiami chiudi, dici al driver di non riutilizzare una connessione persistente. Se lo esegui in un ciclo stretto, il sistema operativo esaurisce le porte da utilizzare, poiché sono tutte nello stato TIME_WAIT.
Il driver PHP utilizza connessioni persistenti e se (senza chiamare ->chiudi) esegui "new Mongo" in un ciclo stretto come nel tuo esempio, il driver non creare nuove connessioni e riutilizzare quella già esistente.