L'esecuzione della query non è riuscita durante l'esecuzione del comando Mongo tramite lo script bash

Non è un javascript. Non puoi chiamare un eseguibile esterno da javascript.

Esegui semplicemente il mongorestore direttamente:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'