Dovrai scorrere tutti i tuoi documenti nel codice e utilizzare una sostituzione regolare per ripulire le stringhe.
Ecco come lo faresti nella mongo shell per un test
ritiro con un phone
campo che deve essere ripulito.
db.test.find().forEach(function(doc) {
doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, '');
db.test.save(doc);
});