Supponendo che tu lo esegua dal prompt dei comandi DOS, devi scambiare le virgolette singole e doppie. Devi racchiudere l'intera query tra virgolette doppie e utilizzare virgolette singole all'interno del documento JSON in questo modo:
--query "{'status':'A'}"
L'ho testato con mongoexport versione 3.0.0 e 3.2.0 e funziona per entrambe le versioni.
