Ho avuto lo stesso identico problema. Sembra che sia nuovo.
Ecco la mia stringa di connessione che ora funziona
mongoose.connect('mongodb://NOME UTENTE :PASSWORD @il mio frammento -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAME ?ssl=true&replicaSet=myShard -shard-0&authSource=admin');
Per creare un nuovo DB ho usato MongoDB Compass. Copia la stringa di connessione dal sito Atlas (quello più lungo - 3.4 credo), quando apri mongodb compass riconoscerà che c'è una stringa di connessione negli appunti (OSX) e ti permetterà di popolare la connessione per Compass con un semplice clic. Puoi creare un nuovo database da lì (fai clic su MyCluster in alto a sinistra, quindi su Crea database. Inserisci il nome del nuovo db nel MYDBNAME in grassetto nella mia stringa di connessione.
Sono stati necessari alcuni aggiornamenti per visualizzare i nuovi dati.
Avevo più o meno la tua stessa stringa di connessione (nome db/shard diverso ecc.) - Sono stato in grado di POST ma non GET. I POST non hanno creato errori (ma non sono riuscito a trovare i dati che ho pubblicato) e GET ha generato lo stesso errore che hai ricevuto.
