Mappatura delle proprietà senza distinzione tra maiuscole e minuscole

Per farlo penso che avrai 2 opzioni.

Il primo sarebbe scrivere manualmente una mappa di classe

BsonClassMap.RegisterClassMap<MyClass>(cm => {
    cm.AutoMap();
    cm.GetMemberMap(c => c.Foo).SetElementName("foo");
});

Il secondo sarebbe decorare la tua classe con i seguenti attributi

public class MyObj
{
    [BsonElement("id")]
    public int Id { get; set; }
    
    [BsonElement("foo")]
    public string Foo { get; set; }
}

Il team del driver CSharp ha un buon tutorial sulla serializzazione al seguente link

http://docs.mongodb.org/ ecosistema/tutorial/serialize-documents-with-the-csharp-driver/

Aggiorna

Ho appena provato quanto segue e questo funziona per me, ovviamente sono sicuro che questa è una versione molto più semplificata del tuo codice ma indovina come potrebbe apparire.

Ho registrato le due mappe di classi separatamente e ho aggiunto BsonKnownType alla classe base.

[BsonKnownTypes(typeof(GeoJSONObject))]
public class Point
{
    public string Coordinates { get; set; }
}

public class GeoJSONObject : Point
{
    public string Type { get; set; }
}

static void Main(string[] args)
{
    var cn = new MongoConnectionStringBuilder("server=localhost;database=MyTestDB;");
    var settings = MongoClientSettings.FromConnectionStringBuilder(cn);
    var client = new MongoClient(settings);

    BsonClassMap.RegisterClassMap<Point>(cm =>
    {
        cm.AutoMap();
        cm.GetMemberMap(c => c.Coordinates).SetElementName("coordinates");                   
    });

    BsonClassMap.RegisterClassMap<GeoJSONObject>(cm =>
    {
        cm.AutoMap();
        cm.GetMemberMap(c => c.Type).SetElementName("type");
    });

    var result = client.GetServer()
              .GetDatabase("MyTestDB")
              .GetCollection("MyCol")
              .Find(Query.EQ("type", BsonValue.Create("xxxx")));
}