Dovrai utilizzare le virgolette doppie per contenere la stringa di query (e le virgolette singole o due virgolette per eseguire l'escape all'interno della stringa)
--query "{'recent':'yes'}"
Completa:
mongoexport --host foo.com --port 27017 --username bar -p
--db foo --csv --fields col1,col2,col3
--collection bar --out dump_q.csv --query "{'recent':'yes'}"