Sono totalmente nuovo nei database orientati ai documenti e in questo momento sto cercando di sviluppare una sorta di CMS usando node.js e mongodb, quindi sto affrontando i tuoi stessi problemi.
Per tentativi ed errori ho trovato questa regola pratica:creo una raccolta per ogni entità che potrebbe essere un "soggetto" per le mie query, mentre incorporo il resto all'interno di altri oggetti.
Ad esempio, i commenti in un post di blog possono essere incorporati, perché di solito sono legati al post stesso e non riesco a pensare a una query utile fatta a livello globale su tutti i commenti. D'altra parte, i tag allegati a un post potrebbero meritare una propria raccolta, perché anche se sono legati al post, potresti voler ragionare a livello globale su tutti i tag (ad esempio fare un elenco di argomenti di tendenza).