A causa del tuo tipo:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
È un ordinamento naturale e poiché il tuo aggiornamento molto probabilmente non è a posto per quei 1.100 sta causando lo spostamento di alcuni documenti alla fine degli elenchi collegati interni di MongoDB, che è l'ordinamento predefinito; in quanto tale ricevi documenti duplicati.
Ordina la tua query con qualcosa come _id o altro, solo qualcosa.
