Classe MongoClient vs. Classe MongoDB\Driver\Manager

Ecco una buona risposta sulle funzionalità del linguaggio deprecato:Cosa PHP funziona con funzioni deprecate?

Ed ecco un uso corretto per php con mongodb:

$manager = new MongoDB\Driver\Manager("mongodb://localhost:27017");
$filter = [];
$options = [
    'sort' => ['_id' => 1],
];

$query = new MongoDB\Driver\Query($filter, $options);
$cursor = $manager->executeQuery('db.collection', $query);

foreach ($cursor as $document) {
//...
}

Ci sono molti tutorial per il funzionamento di CRUD con php e mongodb, ad esempio:Tutorial PHP di MongoDB

In breve:non dovresti usare la funzione deprecata per motivi di sicurezza e perché potrebbe essere rimossa da php in futuro. Quindi meglio aggiornare il tuo codice.