La convenzione che uso e che ho visto nella maggior parte dei progetti open source (incluso Spring et al) consiste nel mettere tutti i file non java in una directory delle risorse, in una directory descrittiva:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Il file di build quindi impacchetta le risorse in un jar di risorse, che viene distribuito insieme a tutti gli altri jar.
