Come posso appiattire i doppi array in mongoDB?

In Mongo 3.4+ puoi usare $reduce per appiattire gli array 2d.

db.collection.aggregate(
  [
    {
      $project: {
        "countries": {
          $reduce: {
            input: '$Countries',
            initialValue: [],
            in: {$concatArrays: ['$$value', '$$this']}
          }
        }
      }
    }
  ]
)

Documenti:https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operatore/aggregazione/riduzione/