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Mongoosejs aggiorna un documento

Assumendo doc contiene l'istanza del documento da aggiornare, puoi farlo per aggiornarla genericamente:

doc.model(doc.constructor.modelName).findOne({_id: doc._id},
    function(err, newDoc) {
        if (!err) {
            doc = newDoc;
        }
    }
);

Tuttavia, è meglio non persistere/memorizzare nella cache le istanze del documento Mongoose oltre la necessità immediata di esse. Memorizza nella cache l'immutabile _id di documenti a cui devi accedere rapidamente, non ai documenti stessi.