Penso che dovrai scendere al driver ruby per farlo poiché non penso che tu possa farlo con MongoMapper stesso:
subscribedToThread = Comment.collection.distinct("user_id", {:subscribe_thread => 1})
La chiamata al metodo di raccolta su un modello restituisce la raccolta come verrebbe fornita direttamente dal driver Ruby in modo da poter eseguire una query distinta utilizzando la sintassi seguente:
collection.distinct(key, query = nil)
Puoi leggere di più a riguardo qui