ObjectId non sono guide. Guid è il nome che MS fornisce per la versione di UUID che usa. Gli ObjectId sono un algoritmo completamente diverso.
Detto questo, puoi usare quello che vuoi come ID in mongo e non avrà penalità sulle prestazioni (nel mondo dei binari, alcuni degli ORM sostengono l'uso di stringhe)
ObjectId è usato in mongo principalmente per salvare le dimensioni. Se è un grosso problema, usa qualcos'altro, renditi conto che l'utilizzo di campi ID inutilmente grandi finirà per sprecare solo ram. Ma se è un grosso problema, allora scegli Guid.