Se non erro, le impostazioni di Meteor vengono utilizzate solo per il deployment.
Per utilizzare un MongoDB diverso da quello locale su Windows durante lo sviluppo, puoi creare un file batch (*.bat) contenente i seguenti comandi nella cartella dell'app Meteor:
SET MONGO_URL=mongodb://localhost:27017/name_of_the_db
meteor
(Considerando che il tuo server MongoDB è in ascolto su localhost:27017 che sono le impostazioni predefinite)