Grazie a bertrand sono stato in grado di scoprire che la risposta si trova in 'Projection '. In mongodb è '$ ', in mangusta il suo select . Ecco come l'ho fatto funzionare:
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Restituisce solo l'elemento che corrisponde all'id specificato negli amici.
