In termini di prestazioni la differenza sarà al massimo piccola. A causa del fatto che i tuoi indirizzi e-mail sono univoci, qualsiasi indice composto che ha un campo e-mail non sarà mai più utile di un indice sul solo indirizzo e-mail. Il motivo è che il tuo campo e-mail ha già la cardinalità massima per la tua raccolta e qualsiasi ulteriore campo di indice non aiuterà il database a filtrare i record più rapidamente poiché arriverà sempre sui documenti corretti solo con il campo e-mail.
In termini di utilizzo della memoria (che è molto importante per database come MongoDB), anche il solo indice di posta elettronica è molto più piccolo.
TL;DR :Usa l'indice solo sull'indirizzo e-mail.
