query mongodb per sottocampo

Prova:

db.XXX.find({ "_id.module" :  "B" });

La differenza è che la tua query originale cercherebbe di trovare una corrispondenza su quell'intero documento secondario (ovvero dove _id è un documento secondario contenente un campo "modulo" con valore "B" e nient'altro)

Riferimento:Notazione punto MongoDB