Alla fine ho trovato la soluzione sostituendo "mongo-java-driver-2.11.3.jar" con "mongo-java-driver-2.13.2.jar" nella mia directory lib di Apache-JMeter. Potrebbe avere dei problemi con l'autenticazione di Mongo 3.
Inoltre avevo modificato il codice per poter funzionare:
import com.mongodb.*
import com.mongodb.BasicDBObject
MongoCredential coreCredential = MongoCredential.createCredential("${mongodb_user}", "${mongodb_database}", "${mongodb_password}".toCharArray());
MongoClient coreMongoClient = new MongoClient(new ServerAddress("${mongodb_server}", 27017), Arrays.asList(coreCredential));
DB coreDB = coreMongoClient.getDB("${mongodb_database}");
DBCollection coll = coreDB.getCollection("users");
...
ora funziona tutto bene.