Come aggiornare un oggetto in mongodb tramite mongoose?

Non riesco a trovare alcun documento che copra questo semplice caso, quindi posso capire perché stai riscontrando problemi. Ma è semplice come usare un $set con una chiave che utilizza la notazione del punto per fare riferimento al campo incorporato:

OrganizationModel.update(
  {name: 'Koka'}, 
  {$set: {'address.street': 'new street name'}}, 
  callback);