ciò di cui hai effettivamente bisogno è archiviare i vecchi dati. Ti suggerisco di dare un'occhiata a questo thread nella mailing list di mongodb:
https://groups.google.com/forum/#!topic/mongodb-user/rsjQyF9Y2J4
L'ultimo post di Michael Dirolf (10gen) dice:
quindi suppongo che tu possa rimanere con una singola raccolta e buoni indici faranno il lavoro.
comunque, se la raccolta diventa troppo grande puoi sempre eseguire il processo di archiviazione manuale.