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Spring Data Mongo:upsert con vari campi aggiornati

Credo che quello che stai cercando sia $setOnInsert per subdocument1 . Quindi qualcosa del genere dovrebbe funzionare per te.

Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
                .set("field1", "value1")
                .set("field2", "value2")
                .set("subdocument2", subdocumentObject2)
                .setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);

Maggiori informazioni qui https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operator/update/setOnInsert/