A partire dalla versione 3.2 MongoDB non ha un sistema cronjob buildin (ad eccezione dei lavori di eliminazione automatica dell'indice TTL, ma questi non ti aiuteranno a risolvere questo problema).
Ciò significa che dovrai utilizzare uno strumento esterno per avviare la mongo shell con la tua query come parametro per essa. Ci sono innumerevoli strumenti disponibili per questo, alcuni integrati in tutti i comuni sistemi operativi pronti all'uso e altri sotto forma di strumenti di terze parti. Ci sono troppe opzioni per elencarle tutte e quale sia la migliore dipende dalla tua infrastruttura IT e da cosa preferiscono i tuoi amministratori di sistema.