Ovviamente è possibile, ma dovrai trovare un modo per forzare la flessibilità di un db di documenti come MongoDB in un RDBMS come SQL Server.
Significa che devi definire come vuoi gestire i campi mancanti (sarà un NULL nella colonna db? o un valore predefinito?) e altre cose che di solito non si adattano bene in un database relazionale.
Detto questo, puoi utilizzare uno strumento ETL in grado di connetterti a entrambi i database, SSIS può essere un esempio se vuoi rimanere nel mondo MicroSoft (puoi controllare questo Importazione di dati MongoDB utilizzando SSIS 2012 per avere un'idea) oppure puoi optare per uno strumento open source come Talend Big Data Integration che ha un connettore per MongoDB (e ovviamente per SQL Server).
