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Mongoose popola restituendo un array vuoto

Usa il tipo invece di $type in MerchantSchema.

var MerchantSchema = new mongoose.Schema({
  packages: [{ type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Package'}]
},
{
    typeKey: '$type',
    timestamps: { createdAt: 'created_at', updatedAt: 'updated_at'}
});

module.exports = mongoose.model('Merchant', MerchantSchema);

Verifica che sia presente una matrice di ObjectId rispetto ai pacchetti nel documento Commerciante.