Sfortunatamente, il supporto di IronPython per pip e setuptools è ancora traballante. Puoi provare a configurare pip manualmente seguendo queste istruzioni , e quindi dovresti essere in grado di installare i pacchetti da PTVS, ma non tutti i pacchetti funzioneranno con quelle versioni precedenti di setuptools.
Inoltre, molti pacchetti non funzioneranno con IronPython, punto. Fondamentalmente, se il pacchetto contiene codice nativo (file .pyd), non funzionerà, perché IronPython non implementa l'API di estensibilità CPython. Sospetto che PyMongo sarà uno di quelli.
C'è qualche motivo particolare per cui stai cercando di utilizzare IronPython per questo? Nota che PTVS supporta pienamente Python normale.