Sì, puoi utilizzare maxTimeMS con l'aggregazione pymongo.
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
Se vuoi un cursore:
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
Il comando aggregate non supportava i cursori prima di MongoDB 2.6, quindi doveva essere aggiunto come opzione per evitare di interrompere le applicazioni esistenti.