Q1:Se aggiorni con permalink 'jaiho' invece di 'haha', sicuramente aggiornerà l'e-mail;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$set:{"comments.0.email":1}})
> db.posts.find()
..., "email" : 1 },...
Q2:Lo stesso vale per questo include;
> db.posts.update({"permalink" : "jaiho"},{$inc:{"comments.0.num_likes":1}})
> db.posts.find()
..., "num_likes" : 1 },...