Puoi provare sotto l'aggregazione.
Converti l'oggetto in una matrice di coppie chiave-valore seguite da $unwind+$group per raggruppare in base a ciascuna chiave e accumulare il conteggio. Passaggio finale per tornare all'oggetto valore chiave denominato.
db.colname.aggregate([
{"$addFields":{"metrics":{"$objectToArray":"$metrics"}}},
{"$unwind":"$metrics"},
{"$group":{
"_id":{"id":"$player_id","key":"$metrics.k"},
"count":{"$sum":"$metrics.v"}
}},
{"$group":{
"_id":"$_id.id",
"metrics":{"$mergeObjects":{"$arrayToObject":[[["$_id.key","$count"]]]}}
}}
])