Cosa ha funzionato per me su Fedora 20:abbiamo bisogno di creare la directory temporanea su ogni avvio, e questo è gestito da systemd-tmpfiles. Quindi, crea un file /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf e inserisci una riga in esso:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Sembra gestirlo al riavvio; se non vuoi riavviare subito, puoi eseguirlo con:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Vedi le pagine man per systemd-tmpfiles)