Molto probabilmente si verificano problemi a causa della crescita record, vedere http ://docs.mongodb.org/manual/core/write-performance/#document-growth .
Mongo preferisce i record di dimensioni fisse (o almeno limitate). Aumentando la dimensione del record oltre lo spazio di archiviazione preallocato, il documento verrà spostato in un'altra posizione sul disco, moltiplicando l'I/O a ogni scrittura. Considera la possibilità di pre-allocare "abbastanza" spazio per il tuo documento medio su inserto, se le dimensioni del tuo documento sono relativamente omogenee. In caso contrario, considera la suddivisione degli array nidificati in rapida crescita in una raccolta separata, sostituendo così gli aggiornamenti con gli inserti. Controlla anche la tua frammentazione e considera la possibilità di compattare i tuoi database di tanto in tanto, in modo da avere una maggiore densità di documenti per blocco che ridurrà gli errori di pagina rigida.