Come raggruppare la query con più $ cond?

Vuoi usare un'espressione composta all'interno di {$cond:[]} - qualcosa come:

collection.aggregate(
    { 
        $match : { 
            '_id' : {$in:ids}
        } 
    },
    {
        $group: {
            _id: '$someField',
            ...
            count: {$sum: { $cond: [ {$and : [ { $eq: [ "$otherField", false] },
                                               { $eq: [ "$anotherField","value"] }
                                     ] },
                                     1,
                                     0 ] }}
        }
    },
    function(err, result){
        ...
    }
);

Il $and operatore è documentato qui:http://docs.mongodb.org/ manual/reference/operator/aggregation/#boolean-operators