È possibile appiattire la query dei risultati di MongoDB?

Puoi usare $project &$unwind &$group di aggregazione framework per ottenere il risultato più vicino alle tue esigenze.

> db.countries.aggregate({$project:{a:'$data.country.neighbor.name'}},
                         {$unwind:'$a'},
                         {$unwind:'$a'},
                         {$group:{_id:'a',res:{$addToSet:'$a'}}})
  {
    "result" : [
        {
            "_id" : "a",
            "res" : [
                "Colombia",
                "Malaysia",
                "Switzerland",
                "Costa Rica",
                "Austria"
            ]
        }
    ],
    "ok" : 1
}

$unwind utilizzato due volte poiché l'array di nomi è nidificato in profondità. E funzionerà solo se il neighbor l'attributo è un array. Nel tuo esempio un campo vicino (Malesia) non è un array