Mongoose/Mongodb:escludi i campi dai dati di query popolati

Il secondo parametro di populate è una stringa di selezione del campo, quindi puoi farlo come:

Author
  .findOne({personcode: code})
  .select('-_id -__v')
  .populate('bookids', '-_id -__v')
  .exec(function (err, data) {
    //foo
});

Tieni presente che dovresti combinare le selezioni dei campi in un'unica stringa.