Builders
è una classe davvero flessibile, ha anche sovrascritto gli operatori "& =E" e "| =O"
Il tuo esempio sarà
var filter = Builders<User>.Filter.Eq(x => x.A, "1");
filter &= (Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "4") | Builders<User>.Filter.Eq(x => x.B, "5"));