Come posso modificare/rinominare le chiavi durante json.load in python?

Ce l'avevi quasi fatto:

import json

def remove_dot_key(obj):
    for key in obj.keys():
        new_key = key.replace(".","")
        if new_key != key:
            obj[new_key] = obj[key]
            del obj[key]
    return obj

new_json = json.loads(data, object_hook=remove_dot_key) 

Stavi restituendo un dizionario all'interno del tuo ciclo, quindi modificheresti solo una chiave. E non è necessario fare una copia dei valori, basta rinominare le chiavi.